در وقایع هیجده تیر ۱۳۷۸ و کوی دانشگاه تهران دستگیر شد و به اتهام اقدام علیه امنیت ملی کشور در کنار سه تن دیگر؛ اکبر محمدی، مهرداد لهراسبی و عباس دلدار دستگیر شد.وی به اتهام ایجاد تشویش و شوراندن دانشجویان برای ایجاد اغتشاش دستگیر شد و به پانزده سال زندان محکوم شد. در گفتگو با روزنامه هرالد تریبون بین‌المللی درباره شکنجه‌ها گفت که ۱۷ ماه را در حبس انفرادی همراه شکنجه گذرانده‌است. که به دلیل این شکنجه‌ها و حبس طولانی به بیماری‌های مختلف مبتلا گردیده است. بازجویان در تلاش بودند تا وی در یک اعتراف ویدیویی بگوید که پیراهن خونین متعلق به همکلاسی دانشجوی وی نبوده و با خون حیوانات رنگ شده‌است. فشارها به باطبی به حدی بود که حتی خانواده وی نیز از تعرضات دستگاه اطلاعاتی و قضایی ایران در امان نماندند. در نوروز ۱۳۸۷وی توسط یکی از رابطان حزب دموکرات کردستان ایران و با کمک اعضای آن توانست از ایران خارج شود. احمد باطبی از سال ۱۳۷۷ با نشریات دانشجویی فعالیت رسانه‌ای خود را آغاز کرد و در دوران مرخصی در سال‌های زندان نیز با نام‌های مستعار گوناگون مانند الهام اویسی، الف-ب و طیب احمدی با نشریات و تارنماهای بخارا، روزآن‌لاین، رادیو زمانه و… به عنوان عکاس و روزنامه‌نگار همکاری داشته‌است. احمد باطبی پیش از خروج از ایران در سال ۲۰۰۸ میلادی، به همراه برخی از دانشجویان زندانی و زندانیان سیاسی معتقد به فعالیت حقوق بشری همچون کیوان رفیعی، سازمان حقوق بشری را به نام مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران تاسیس کرد. ایشان هم اکنون مسئولیت تشکیلات برون‌مرزی و سخنگویی «مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران» را بر عهده دارد.احمد باطبی در سالهای اخیر با همین عنوان در همایش‌های جهانی شرکت کرده و گزارش‌های مروبط به وضعیت حقوق بشر ایران را به نمایندگی از مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران ارائه کرده‌است.